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氧化性殺菌滅藻劑是一種具有強烈氧化性的殺生劑，對水中的微生物的殺生作用強烈。當水中存在有機物、硫化氫、亞鐵離子時，會消耗掉一部分氧化性殺生劑，降低它們的殺生效果。
氧化性殺菌滅藻劑的作用：
氯的殺菌作用是氯在水中生成分子狀態的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的細胞膜與蛋白質生成穩定的N-CL鍵，使呼吸作用所一定要有的還原酶減弱或失去活性，較高濃度時會破壞細胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，殺菌效果越好。
氯處理的效果很快，水中的原生動物（如草履蟲和纖毛蟲）和輪蟲等，通氯之後很快就被殺死。藻類比細菌更容易被氯殺死，加氯的濃度達1mg/L，就能殺死大部分藻類。使藍藻和矽藻致死的氯濃度分別為0.5-1.01mg/L和0.1-1.01mg/L。
